Первыми владельцами и организаторами биржи в Токио были тогдашний министр финансов Окума Сигэнобу и юрист Шибусава Ейичи, специализировавшийся на корпоративном праве.
Открытие биржи происходит в 1878 году. Интересен, тот факт, что торговцы изначально приходили и работали в здании биржи только в национальной одежде - кимоно.
К концу 19 века финансовое учреждение меняет форму собственности. Теперь это уже акционерное общество. Меняется и место дислокации - биржа переезжает в новое здание. Появляется множество акционерных обществ, акции которых торгуются на бирже. Развитие экономики Японии тех лет вызвано заботой о военной мощи страны правительством. Наращивание военного бюджета осуществлялось привлечением крупных капиталов на рынок, что не мало помогло развитию акционерных обществ.
Во время второй мировой войны в 1943 году, для большей эффективности торгов происходит объединение 11 существующих бирж Японии в одну - Токийскую. Но после атомной бомбардировки Херосимы и Нагосаки в 1945 году биржа закрывается.
Во время оккупации американскими военными в здании биржи размещалась штаб-квартира войск, которые управляли страной. Такое положение сохранялось до передачи власти временному правительству в начале 1950-х годов. Торговля ценными бумагами продолжалась, но сделки происходили не на публичной площадке, а непосредственно при встрече конкретных инвесторов и владельцев ценных бумаг (акций, облигаций и т.д.)
Быстрый экономический рост и финансовое восстановление экономики азиатского региона в послевоенный период коснулся и "страны восходящего солнца". Япония стала выходить в мировые лидеры. Инновационные решения и новейшие технологические разработки пользовались большим спросом в мире, что позволило Японским компаниям занять лидирующие позиции. Их капитализация, начиная с 1968 года постоянно увеличивалась. Хотя вплоть до 1974 года на Токийской бирже не существовало даже электронного табло, все цены писались мелом на доске. Именно в этот период правительство регламентирует деятельность брокеров и вводит определённые правила биржевых сделок.
С 1983 по 1990 год Токийская биржа выходит на первое место по размещению капиталов. Именно здесь происходит 60% всех операций фондового рынка мира. Вскоре Нью-Йорк опережает по этим показателям. Но за Токио прочно установилось второе место.
30 апреля 1999 года торговля на крупнейшей азиатской бирже полностью переходит в электронный формат. Площадки, где собирались брокеры закрывают. Но переход на электронные системы отмечен и чрезвычайными случаями. Сбой системы случился 1 ноября 2005 года. В результате биржа после открытия проработала 1 час 30 минут и остановилась на 4 с половиной часа. Причиной стала установленная накануне система торгов от фирмы "FUJITSU". Простой оказался самым длительным за всю новейшую историю биржи. Ещё один случай произошёл 8 декабря 2005 года, когда сотрудник технического отдела по ошибке ввёл неверные данные. Компания "J-COM" производила первичное размещение акций на бирже. Цена акций была оценена в 610 тыс. цен за 1 акцию, но при вводе данных сотрудник поставил 610 тыс. акций за 1 йену. С первых секунд торговли акции были распроданы за бесценок. Администрация биржи, осознав ошибку, попыталась отменить сделки. Несмотря на все усилия, компания после неудачного IPO потерпела убыток в 347 млн. долларов. Потери ей восстановили сама Токийская биржа и фирма "MIZUHO SECURITIES", чей работник допустил промах.
С 2013 года, после поглощения фондовой биржи, Осаки (в 2012 г.) носит название Japan Exchange Group, Inc. Сегодня Токийская фондовая биржа входит в Федерацию фондовых бирж Азии и Океании. Является членской организацией и обладает статусом юридического лица.